Installer R et RStudio

Téléchargement et installation

Les programmes proposés pour faciliter la conception, la mise en œuvre et le traitement des réseaux de placettes permanentes nécessitent l'installation des logiciels libres R et RStudio, tous deux multiplateformes (Windows, MacOs, Linux).

 

Téléchargement

  • Le logiciel R peut être téléchargé ici.
  • Le logiciel RStudio  peut être téléchargé ici.

 

Présentation

  • R, souvent présenté comme un logiciel de statistiques, est une suite logicielle permettant de manipuler des données sous forme de texte, de chiffres qu'ils soient géoréférencés ou non, grâce aux nombreuses possibilités d’import depuis des sources très différentes, de les traiter, de les représenter sous forme graphique ou cartographique, puis de publier un rapport dynamique. C’est aussi un langage de programmation. 
  • RStudio est une interface facilitant l'utilisation de R. A son ouverture, l’écran est divisé en 4 parties : fenêtre de script (éditeur), console, historique et objets créés (workspace), gestion des packages et figures.

    Réglages de RStudio

    Ils peuvent être faits à partir du menu Tools/Global Options... L'organisation des préférences à l'intérieur des onglets peut varier selon les versions. Les préférences à régler sont les suivantes. Avec la version 1.0.44 de Studio elles se trouvent :

    • Dans l’onglet Code/Saving, préférer l’UTF8 comme système de codification des caractères spéciaux.
    • Dans l’onglet Package, choisir la localisation du site du réseau CRAN où seront téléchargés les packages complémentaires.
    • Dans l’onglet Sweave, préférer knitr (pour la question Weave Rnw files using), PDFLatex (pour la question Typeset LaTeX into PDF using), cocher Insert numbered sections and subsections.
    • Dans l’onglet Spelling, choisir le dictionnaire French

     

    Quelques points

    • RStudio gère plusieurs types de documents : R Script, R Markdown, Tex File, R Sweave, etc.
    • La documentation de RStudio est disponible ici.
    • Pour se tenir informé des dernières évolutions de RStudio cliquer ici.
    • Pour une rapide introduction sur R, en anglais cliquer ici, en français cliquer ici

     

    Packages, extensions, librairies ?

    Ces 3 termes sont synonymes.

    Un package est une extension de R qui contient des fonctions centrées sur un sujet particulier : analyse d'images, de modèle numérique de terrain, cartographie, édition de documents dynamiques, etc. Les packages permettent d'étendre les possibilités de R. 

    Les sites du CRAN et du MRAN donnent un aperçu du très grand nombre d'extensions possibles. Par exemple dans le cas de l'analyse spatiale il est possible de trouver de nombreux packages sur le CRAN ou le MRAN.

    En matière de traitement de données, les problèmes que l'on rencontre ont souvent conduits d'autres personnes à construire des fonctions pour les résoudre. Même s'il y a très peu de packages spécifiques à la forêt, les deux libraires proposées (PPtools et PermGF) font elles-mêmes appel à des extensions de R.

     

    Installation de librairies "standard" (disponibles sur le CRAN)

    Les librairies standards peuvent être installées avec le bouton Install de la fenêtre de gestion des packages. Elles peuvent être installées individuellement ou bien en groupe à condition de les séparer par un blanc. 

     

    Pour nos besoins il est plus rapide d'installer les nombreuses librairies nécessaires en tapant l'instruction suivante dans la fenêtre console (cf figure ci-dessous) ou bien téléchargeant le fichier Install.R téléchargeable en bas de page et en l'exécutant.

    install.packages(c("Hmisc", "broom", "doBy", "dplyr","ggplot2","ggthemes","gstat",
                       "maptools","openxlsx","raster","rgdal","rgeos","sp","tcltk","tidyr",
                       "tools","ClustOfVar","FactoMineR","gWidgetstcltk","reshape2",
                       "rmarkdown","knitr","rpart","rpart.plot","stringr","gtools"))

     

    Attention

    Pour qu'un package soit actif il doit être coché dans la liste des packages ou bien activé en tapant l'instruction library dans la console, par exemple library(rgdal) pour activer le package rgdal.

     

    Script

    Un script est un ensemble d'instructions. Il démarre souvent par une série de librairie à activer.

     

    Mises à jour

    • Le logiciel R est très stable. Les évolutions majeures et utiles seront signalées.
    • Le logiciel RStudio étant principalement une interface, ses évolutions améliorent souvent l'ergonomie. Les mises à jour sont recommandées.
    • Les mises à jour des librairies (packages) sont assez fréquentes mais pas forcément nécessaires. Les mises à jour utiles seront signalées. Pour les librairies standards les mises à jour se feront avec le bouton Update de la fenêtre de gestion des packages. Pour les 2 librairies proposées (PPtools et PermGF) les mises à jour nécessiteront leur ré-installation.